Η γειτνίαση με την Αττική και η εύκολη θαλάσσια πρόσβαση βοήθησε κατά τις τελευταίες δεκαετίες στην επιλογή της περιοχής ως ιδανικού τόπου ίδρυσης παραθεριστικών κατοικιών και οικοδομικών συνεταιρισμών. Αυτό έδωσε αφορμή για ανασκαφές που δείχνουν ότι υπάρχει συνεχής κατοίκηση στην περιοχή της Καρύστου από την αρχαιότητα μέχρι σήμερα.
Δυτικά της πόλης, στη θέση Μάζες, το 2001, ανακαλύφθηκαν τρεις τάφοι που χρονολογούνται στα τέλη του τέταρτου και αρχές του τρίτου αιώνα π.Χ. Πρόκειται για σημαντικό εύρημα διότι οι τάφοι είχαν εξωτερική κτέριση, βρέθηκαν ,δηλαδή, νεκρικές προσφορές αγγείων γύρω από τους τάφους.
Το 2002 βρέθηκαν στη βόρεια πλευρά της πόλης τάφοι του 4ου αιώνα π.Χ. με παρόμοια νεκρική ταφή. Τα κτερίσματα ήταν ληκύθια και λήκυθοι λευκού εδάφους, ένα ομοίωμα γρύπα και αγγεία καθημερινής χρήσης.
Στη θέση Ξάνεμο, όπου βρίσκεται τμήμα της αρχαίας νεκρόπολης, βρέθηκαν εννέα τάφοι (έξι κιβωτιόσχημοι και τρεις κεραμοσκεπείς) με κτερίσματα τοποθετημένα στα πόδια ή το μέσον του τάφου, τα οποία χρονολογούνται από το 3ο π.Χ. έως το 2ο μ.Χ. αιώνα. Το πιο συνηθισμένο κτέρισμα ήταν φυσικοί ή γυάλινοι αστράγαλοι, αγαπημένο παιχνίδι παιδιών και ενηλίκων.
Στους πρόποδες του λόφου που βρίσκεται το Castello Rosso, στους Κοκκάλους ήταν η θέση της υστεροκλασσικής έως και υστεροβυζαντινής πόλης. Σε 234 τ.μ. βρέθηκαν οικοδομικά λειψανα, μεταξύ των οποίων ένας πύργος, ένα τείχος με τάφρο, ένα δεύτερο ορθογώνιο κτήριο και μία τράπεζα εισφορών. Ο πύργος είχε στρατηγική θέση, διότι το ύψωμα στο οποίο βρισκόταν του επέτρεπε να προστατεύει την πόλη από πειρατές, να ελέγχει τις καλλιεργήσιμες περιοχές και να επιβλέπει τα αρχαία μεταλλεία σκωριών και αμιάντου.
Οι σκελετοί στο οικόπεδο Βερούχη, στα βόρεια της πόλης, το καλοκαίρι του 2005, μας δίνουν πληροφορίες για τις διάφορες πολιτιστικές όψεις και κοινωνικές συμπεριφορές του πληθυσμού της Καρύστου κατά την αρχαιότητα. Παραδείγματα αποτελούν ο σκελετός μιας γυναίκας που έπασχε από οστεοαρθρίτιδα, ενός άνδρα ο οποίος παρουσίασε εκτεταμένη χρήση της κάτω γνάθου και ενός άλλου άνδρα που έπασχε από πλατυμηρία, πάθηση που προκαλείται από παρατεταμένο βαθύ κάθισμα στους αστραγάλους ή περπάτημα σε βραχώδες έδαφος.
Πολλά από τα ευρήματα των ανασκαφών αυτών φυλάσσονται στο αρχαιολογικό μουσείο του Γιοκαλείου Ιδρύματος.